desde este Blog http://www.mariaiglesias.net/2007/08/nautilus-abrir-como-root.html tomo prestado un script que encuentro la mar de útil.

Cuando estamos navegando por el sistema de ficheros a menudo necesitamos abrir ficheros o directorios como root. Eso es posible hacerlo sin tener que abrir un terminal y usando el botón derecho.
Abres un terminal normal de usuario común y corriente (NO de root) y escribes (copiar y pegar):

gedit $HOME/.gnome2/nautilus-scripts/Abrir\ como\ root

luego al archivo que se abre le colocas lo siguiente (copiar y pegar):

#!/bin/bash
for uri in $NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_URIS; do
gksudo "gnome-open $uri"
done

Guardas y cierras ese archivo.
Escribes en un terminal:

chmod +x $HOME/.gnome2/nautilus-scripts/Abrir\ como\ root

Reinicias Nautilus (nautilus -q).

Et Voilá : Ahora abre una ventana de nautilus navega por cualquier directorio y en el menú que sale en el botón derecho aparecerá una opción Scripts->Abrir como root. Clica cuando tengas seleccionado un directorio o fichero y todo lo que abras lo estarás haciendo como root.